主要职能：

（一）自然藏品管理。负责馆藏自然标本、资料、模型等的管理；负责自然藏品库房的管理和常态化巡查、维护。

（二）自然藏品保护。负责馆藏自然标本等的常态化维护、修复；负责自然实验室的管理和常态化巡查、维护。

（三）自然藏品研究。依托馆藏自然标本开展南海动物、植物、生态、环境、地理、地质等方向的基础科学研究，重点开展生物分类研究和生物多样性保护等重大问题研究。

（四）自然展览的策划和实施。负责南海自然主题展览策划、实施和对外展览交流合作。

（五）协同藏品征集部门开展南海和相关方向的藏品征集，以“最全种类、最多数量、做大规模”为目标建设和完善南海自然藏品收藏体系。

（六）编制事业发展规划，拟制相关工作标准，培养专业人才，完成上级交办的其他工作。